企业始终以环境保护为生命线，实行生态优先和绿色发展，严格按照ISO14000环境管理体系的运行要求组织生产。在各级环保主管部门的监察监测中，企业各项污染物排放指标均优于或远优于国家标准要求。2018年2月，企业被国家工信部认定为绿色工厂，是自治区唯
一的一家轻工企业。
截至目前，企业在环保方面投入已超过10亿元，占企业总投资的10%。在废水处理方面，投资5亿元建设污水处理设施，采用自主知识产权的ASND污水深度处理技术，处理后的废水远优于国家标准要求。企业废水主要排放指标COD≤30mg/L，氨氮标准≤1mg/L(行业标准要求COD≤200mg/L，氨氮标准≤50mg/L，城镇污水处理厂一级A标准COD≤50mg/L，氨氮标准≤8mg/L)，在国内发酵行业处于领先水平。
在烟气治理方面，已完成投资4亿元。在粮食加工气味已经达标排放的基础上，2016年4月起企业又投资2亿元上马气味治理再提高工程，2017年6月底完成改造，粮食加工气味在以前达标的基础上又削减90%左右，处理效果达到了国际领先水平。
为了更好地履行社会责任，企业将依托自建的国家企业技术中心和国家博士后科研工作站，继续加大污染防治力度，拟利用1年左右的时间，再投资3亿元从生产前端、过程到末端进行全程收集治理，把剩余轻微气味根本去除，使企业环保工作再上一个更高的层次，做人与自然和谐发展的模范和标兵企业。
